キズキ共育塾
不登校・中退・通信制高校からの受験に対応する完全個別指導塾。14,000人以上の卒業生実績を持ち、小学生から社会人まで対象。心身の不調と学びの継続を並行してサポートする。
認定NPO法人 フリーキッズ・ヴィレッジ
"子どもの心が自由になれる村"をつくり未来の子どもたちへ手渡していく。山村留学・子どもの居場所・自然農・子育て支援などを行う。
フリースクール★これまな
東京都清瀬市の公園や公共施設、柳瀬川流域を拠点に活動するフリースクール。2024年3月に学校に合わない子を持つ保護者同士で立ち上げた団体。
ドーナツプレイス和（なごみ）
豊中市で不登校やひきこもりの子の自立を支援するフリースクール。決まった時間割やカリキュラムがなく、来てから「今日は何をしたい？」を一緒に考え、一人ひとりが自分のペースで過ごせる。
いわて南ユースセンター キャリノバ
岩手県に住む10代の若者が将来について考えるきっかけを得られる場所。学校に行けなくなった子どもたちの居場所としてフリースクールを運営。
フリースクール アサンテ
教科学習、イベントの企画・実行、自主学習、運動などを行うフリースクール。親の会（月1回）、カウンセリングを実施し、NPO全国ネットワークに加盟。
認定NPO法人 盛岡ユースセンター／フリースクールblanket
生き方を一緒に考えるフリースクール。学校とは異なる環境で自分なりの世界を描く応援をし、高卒資格取得も支援している。
フリースクールみらい（放課後デイサービス みらい虹）
不登校の子どもを中心に学習支援。元教員や公認心理師による指導。漢字検定・算数検定・英語学習・パソコン学習・プログラミング・デジタルファブリケーション等に対応。尼崎市フリースクール認定校（指導要録上の出席扱い）。
NPO法人 コスモスクール未来 富士校
不登校の小学生・中学生・高校生・通信制高校生をサポートするNPO法人。
リベラスコーレ（NPO法人リベラヒューマンサポート）
リベラスコーレは、不登校児童生徒・通信制に在籍する高校生などを対象とする民間施設。フリースクールとして設立され、現在は特性やその傾向を持つ不登校児童生徒の支援に特化した、フリースクール型の放課後等デイサービス事業所として支援に取り組む。