Pur（ピュール）みんなの学校
学習支援に加え、生活体験・自然体験・社会体験を通じて子どもの成長を支援するフリースクール。
まるかふぇ（不登校の子どもの親の情報交換の場・親の会）
外とのつながりを模索する子どもを見守る親・家族のための語り場。同じ悩みや経験を持つ家族が安心して気持ちを分かち合える場。
オルタナティブスクール Colorful（カラフル）
子どもを『変える場所』ではなく『自分を信じ直せる場所』。不登校や行き渋りの子も対象に、型にはめず子どもの好奇心から始まる学びを大切にする。
早稲田自由スクール 柏校
少人数でアットホームな環境で、のびのびと過ごしながら子どもの興味や関心を引き出すフリースクール。笑顔と安心を実感できる居場所を目指す。
スクノマの会
不登校や登校渋りに不安を抱く児童・生徒と保護者を対象に学習支援・生活体験・相談活動を行う(新居浜市)。
Rainbow Kids フリースクール
外国人・日本人を問わず子どもが安心して過ごせる居場所を提供。心のケア・自己肯定感を育み、外国人には英語や日本語を中心に算数や家庭科なども指導する。
認定NPO法人 コロンブスアカデミー
不登校やひきこもりなど生きづらさを抱える子ども・若者とその家族を支援する認定NPO法人。複数の拠点で放課後支援、相談、障害福祉サービスなどを提供。キリスト教精神に基づき地域とのつながりの中で成長を支える。
オルタナティブスクールTERA
唐人町寺子屋が運営するフリースクール。安心できる環境で教科学習や体験活動を通じた学びを提供し、哲学対話やフィールドワーク等の課外活動を実施。学習塾との並行利用も可能。
地頭塾（フリースクール部門）
福島市のフリースクール。国登録有形文化財の旧二階堂家住宅を活用し、自由活動を基本にAI教材の基礎学習・歴史文化体験・金融経済学習・地域活動・職場体験など多彩なプログラムを提供。
フリースクールおおあそ未来の杜 阿蘇校
不登校経験のある校長が元教え子・両親とともに2024年4月に開校。生徒と同じ目線で関わり、基礎学習支援と体験活動を提供。PCスキル・金銭教育・起業塾・対人スキル、トレッキング・登山・農業・ピザ作り・自動車整備・カフェ運営などの体験活動。職員は不登校経験者。通信制高校・子ども食堂「おおあそ未来食堂」併設。