三河サドベリースクール・シードーム
生徒が自分で学ぶ内容を決めるサドベリースクール。大人が決めた授業や時間割はなく、ミーティングでルール・予算・スタッフ雇用を生徒とスタッフが対等に話し合って決める。
フリースクールセレンディップ／セレンディップ高等学院（みやざき延岡学習センター）
フリースクールを母体に高校卒業資格の取得をサポートするサポート校(セレンディップ高等学院 みやざき延岡学習センター)。
ボランティア団体わしがやらねば（フリースクール「さとうさんち」）
岡山県井原市で幅広い子育て支援を行う団体。約3年前に不登校の中学生の居場所確保のためにボランティア団体を立ち上げ、フリースクールを開設。既存制度におさまらないニーズに応える活動を続けている。
フリースクールあにまる
不登校の子ども向けのフリースクール。理事長と担当教師がマンツーマンで対応し、学習から運動・芸術・音楽・料理まで幅広いカリキュラムを提供。学校との連携で出席扱い認定が可能。
早稲田自由スクール 柏校
少人数でアットホームな環境で、のびのびと過ごしながら子どもの興味や関心を引き出すフリースクール。笑顔と安心を実感できる居場所を目指す。
SunSunルーム
「フリースクールもりさぽ」が2024年5月より「はるみさんの畑」の協力を得て「SunSunルーム」として再開。子どもだけでなく保護者も相談できる、保健室のような安心して相談できる場所を目指す。盛岡駅から送迎あり。
ソーシャルスクール つなぐ（志摩教室）
「学力・コミュニケーション力・生活力」を育む総合学習機関。発達障害・メンタル不調・不登校・ひきこもり・ニート等（グレーゾーン含む）に個別支援コースを提供。
NPO法人 ゆずりは学園（田原本校）
特定非営利活動法人ゆずりは学園(2001年5月設立)。発達障害・アスペルガー・不登校・ひきこもり等の小中学生・高校生・青年を支援。
ステラBASE 千種教室
不登校・発達障害・学習遅れのあるお子さま専門の学習塾が運営する名古屋のフリースクール。
homiee
東京都中央区銀座にある不登校の小学生対象フリースクール。学校と連携して出席扱いにでき、教員免許保有者による個別指導と課外活動、24時間学童の併設を提供する。
