NIJINアカデミー 練馬石神井公園校
NIJINアカデミーの練馬石神井公園校（練馬区）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
NIJINアカデミー 二子玉川校
NIJINアカデミーの二子玉川校（世田谷区）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
フリースクール野田 ワライグマ校
単なる居場所ではなく教育施設として、保護者・学校・地域と協力しながら個々の児童生徒に向けた支援を行う。
クラーク国際中等部 札幌白石キャンパス
クラーク国際中等部の札幌白石キャンパス（札幌市白石区）。在籍校に籍を置いたまま通える中等部で小6〜中3が対象。全日型・週2通学・月1〜2通学＋オンラインから選べ、全教員が学習心理支援カウンセラー資格を保持。入学金30,000円／月22,700円〜。
クラーク国際中等部 柏キャンパス
クラーク国際中等部の柏キャンパス（柏市）。在籍校に籍を置いたまま通える中等部で小6〜中3が対象。全日型・週2通学・月1〜2通学＋オンラインから選べ、全教員が学習心理支援カウンセラー資格を保持。入学金30,000円／月22,700円〜。
NIJINアカデミー 江東大島校
NIJINアカデミーの江東大島校（江東区）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
NIJINアカデミー 千葉県東金校
発達障害・不登校の子ども向けフリースクール。平日はオンライン、土曜午前は定員5名のリアル教室で、作業療法士の教室長が一貫してサポートする。
自在能力開発研究所 スプラウツ（発達障がい児・不登校生フリースクール）
2000年創設。ダウン症児への学習支援から始まり、脳科学とAIを活用した発達障がい児・不登校生向けの長期一貫支援を提供。個別最適な学習環境と心のケアを重視する。
フリースクール ナナコトヤオキ
友達や仲間ができる喜びを感じ、コミュニケーションを取りながら挑戦し、夢中になれる何かを見つけ社会と繋がるきっかけを提供するフリースクール。体験学習(農業・調理・木工・課外)、ICT教材(すらら)によるAI学習、専門カウンセリング。
NPO法人 フリースクール・オンリーワン
不登校や行き渋りの児童生徒、他校在籍の高校生、高卒後の就職不安者も利用可。発達特性やメンタル状況に応じたサポート体制あり。併設の通信制高校で高卒資格取得も可能。
