まなべる居場所
不登校の子どもたちに安心できる学びと居場所を提供。自己決定を重視し、子どもの興味を尊重した学習、自然・農園活動、専門家との交流機会を用意。
ひだまりの会（鹿島市）
佐賀県不登校親の会ネットワークに掲載の不登校親の会「ひだまりの会」（鹿島市）。
どんぐり自然学校
シュタイナー教育に基づく一貫教育校（幼児園～中学部）。自然を中心とした学びと個性を生かした教育を行う。NPO法人運営、放課後保育・学童あり。
フリースクール・S大栄本校
中央高等学園専修学校の敷地内にあるフリースクール。ここでの登校が出席扱いになり、高卒資格取得も可能。
フリースクール空（そら）
滋賀県守山市にある、登校拒否の小・中・高生のための生活・学びの場。少人数で元小・中学校教師が在籍。論語とそろばんを学ぶ。
AOiスクール（小田急のオルタナティブスクール）
小田急電鉄が運営する、不登校の児童生徒向けのオルタナティブスクール。「好き」をきっかけにしたコミュニケーションや学びを届ける。ライブセミナーコース／バーチャルキャンパスコース／善行コースがある。東京都フリースクール等利用者支援事業（助成金）の認定施設。運営は不登校の原体験をもつ社員が企画。
本庄フリースクール・ユースサポートネット
不登校・ひきこもり・高校中退などを経験する子ども・若者を支援する団体。
みんなの秘密基地（特定非営利活動法人みんなの）
北海道砂川市のNPOが運営する子ども・若者の無料の居場所。不登校支援/フリースクール、放課後ユースセンター、土曜ユースセンター＆子ども食堂、大人向け茶会などを実施。
まなびスペースCOCOCARA
NPO法人COCO.NETが運営する小学1年生～高校生対象のフリースクール(まなびスペースCOCOCARA)。義務教育段階の不登校の子どもの学びと育ちの場として運営し、ウエルビーイング教育を実践する。令和8年度千葉市の不登校児童生徒学習支援・フリースクール連携事業の委託団体。
ドーナツプレイス和（なごみ）
豊中市で不登校やひきこもりの子の自立を支援するフリースクール。決まった時間割やカリキュラムがなく、来てから「今日は何をしたい？」を一緒に考え、一人ひとりが自分のペースで過ごせる。
