クラーク国際中等部 三田キャンパス
クラーク国際中等部の三田キャンパス（三田市）。在籍校に籍を置いたまま通える中等部で小6〜中3が対象。全日型・週2通学・月1〜2通学＋オンラインから選べ、全教員が学習心理支援カウンセラー資格を保持。入学金30,000円／月22,700円〜。
まなび舎いゆ（長崎五島〈いゆ〉）
学校に馴染めない島の子どもたちの、不登校やひきこもりに代わるもうひとつの選択肢。
堀口塾 フリースクール
不登校の子どもが安心して通いながら「考える力」と「学ぶ力」を取り戻すフリースクール。AI教材『すらら』を活用した個別ペース学習。
中高生の居場所 kukulu（ククル）
不登校や貧困により学校に行けない子どもに「ここにいていいんだな」と思える場所を提供。ソーシャルワーク的活動・アウトリーチ・関係機関連携で包括的にサポート。NPO法人ちゅらゆい運営。
オルタナティブスクール・フィン（学びっ人村）
アート制作を主軸とした不登校児童向けのフリースクール。自信を取り戻し自己肯定感を育む居場所。アート・農業（畑・田んぼ）・体験活動・探究学習を行う。
共育ファシリテーション プロローグ（保田学園 共育プロローグ）
不登校児童・生徒や子育てに悩む親を対象とした教育相談・家族カウンセリングと、フリースクール・ホームスクール運営を基盤に活動。「共に育む＝共育」をテーマに、スタッフがファシリテーターとして生徒・保護者に伴走する。
NIJINアカデミー 京都金閣寺校
NIJINアカデミーの京都金閣寺校（京都市北区）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
洲本 子ども第三の居場所 みらいえ
淡路島洲本市の古民家「YORISOI米田家」に開設された子ども第三の居場所。学校・家とは別の場所で、子どもたちが安心して過ごしながら自己肯定感や生き抜く力を育む。不登校から自立へ向けた支援メソッドを提供する。
ABC Japan
外国人が日本での仕事や生活の問題を解決し、日本人と外国人をつなぐことを目的とした非営利団体。子ども向けに「ABCフリースクール」を運営（小中高受験対策）。
NPO法人schoot（スクート）フリースクール
安心して自分でいられる場所。それがあるからこそ、嫌なことがあっても日々を前向きに生きていける。
