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東京都中央区銀座にある不登校の小学生対象フリースクール。学校と連携して出席扱いにでき、教員免許保有者による個別指導と課外活動、24時間学童の併設を提供する。
フリースクール駅前（NPO法人あそぼらいつ）
NPO法人あそぼらいつが運営するフリースクール。同法人はくまのっ子学童クラブ、放課後等デイサービスくぷくぷ、小規模保育所こぐま、子育て支援センターひよっこ、リトルファーマーズ農場等も運営する。
クラスジャパン小中学園
小・中学校の不登校生徒を対象としたオンラインフリースクール。担任がチャットで日常的にサポートし、自分のペースで学習できる。フリースクールでの活動が在籍校の出席扱いになる。
西条フリースクール「やーこの家」
「親御さんも一緒に休みましょう」をコンセプトに、子どもの自由な成長と親の心身のリラックスを支援する居場所。
NPO法人子ども地域ネットワーク所沢（所沢SecretBase）
NPO法人子ども地域ネットワーク所沢が運営（所沢SecretBase）。「ただの居場所でも、ただの塾でもない」を方針に、地域のリビング（多世代交流の第3の居場所）、FYLコース（日常＋少人数学習）、DYLコース（進路決定に向けた本格学習支援）を提供。学習支援塾DEKObokoと連携し2026年5月より新体制。
フリースクール コンパス（関西東林館コンパス）
生徒の心の声に耳を傾け、一人ひとりとの時間を大切にする、自然に囲まれた少人数制のフリースクール。
栗東親の会（Flying／青い琵琶湖）
滋賀県内の不登校に関する草の根メディア「Flying」（青い琵琶湖が母体）による栗東親の会。子どもの不登校・日々の生活・多様な学びについて語り合う。
青少年自立援助センター
1977年設立のNPO。ひきこもり状態の子ども・若者とその家族を支援し、自立支援を中心に障害者福祉、生活困窮世帯の子どもや海外ルーツの子どもへの学習・生活支援を行う。
学び舎S（まなびやエス）
特進館学院が運営するフリースクール。受験指導やプログラミング・農業体験などを提供する。
NPO法人 ぼちまる
今治市・西条市・上島町を中心に不登校支援や学習サポート、高校生就労チャレンジ、訪問看護を行うNPO法人。
