学校法人おかやま希望学園（吉備高原のびのび小学校・吉備高原希望中学校）
不登校など既存の学校になじみにくい子どもを受け入れる、吉備高原の自然の中での全寮制の私立小・中学校。生活リズムの確立や自信回復、自立を支援する。
特定非営利活動法人 京都教育サポートセンター
学習支援・家庭訪問・居場所提供・フリースクール・各種相談・カウンセリングを行うNPO法人。
探究自立型教室 シン・スクール
ゲームやAIを活用し、自由に遊びながら学ぶフリースクール。デジタルAI社会の下地づくりを重視し、ゲームを通じた主体的な探究と気の合う仲間とのつながりを大切にする子どもの居場所。リアルとオンラインの両方に対応。
上越妙高フリースクールけんしん
そのままの自分でいられるスクール。安心・自由・自分らしさを大切に、不登校の子が自由に学び好きなことをトコトン学べる。イエナプラン教育を取り入れ、AIドリル「すらら」の無学年式学習、e-sports体験、スペシャルティーチャーズ講座、コーチング・カウンセリング。看護師在籍・給食提供。
フリー＆アフタースクールHOPE（NPO法人くさつ未来プロジェクト）
小中高生を対象としたフリー＆アフタースクール。学習・交流の場を提供する。
ゼロスクール菊池分校（NPO法人くまもとゼロスクール）
スタッフそれぞれの能力を活かした授業を実施。校舎周辺にはブルーベリー畑や柚子畑など自然が広がる環境で、7～15才の幅広い年齢層が通学する。
フリースペースもくれん
ひとりで過ごしても、だれかと遊んでも、ぼーっとしてもいい。その時の自分に一番合った過ごしかたを自分で選んで過ごすスペース。制作活動・ボードゲーム・読書・料理・野外活動などを行う。
別府フリースクールうかりゆハウス
フリースクール（不登校児童対象）、個別学習塾（外国籍児童・学習困難児向け）、こども哲学対話の3つの軸で運営。2022年4月開設。
クラスジャパン小中学園
小・中学校の不登校生徒を対象としたオンラインフリースクール。担任がチャットで日常的にサポートし、自分のペースで学習できる。フリースクールでの活動が在籍校の出席扱いになる。
AOiスクール（小田急のオルタナティブスクール）
小田急電鉄が運営する、不登校の児童生徒向けのオルタナティブスクール。「好き」をきっかけにしたコミュニケーションや学びを届ける。ライブセミナーコース／バーチャルキャンパスコース／善行コースがある。東京都フリースクール等利用者支援事業（助成金）の認定施設。運営は不登校の原体験をもつ社員が企画。
