Happy Education（ハッピーエデュケーション）
様々な子どもたちが安心・安全に自分らしく学び成長できる社会環境の実現に向け活動する団体。フリースクール、体験学習、保護者向け茶話会などを実施。
ゼロスクール菊池分校（NPO法人くまもとゼロスクール）
スタッフそれぞれの能力を活かした授業を実施。校舎周辺にはブルーベリー畑や柚子畑など自然が広がる環境で、7～15才の幅広い年齢層が通学する。
梅谷自由学校
京都府木津川市のオルタナティブ・フリースクール。2025年4月よりプレ開校中。子どもの「やりたい」から始まる活動が学びの中心。
セカンドスクール（セカスク）
規則正しい共同生活を通してやる気・自主性・自律心を育む。社会のルールを適用したインフラのなかで次の一歩を伴走する。
NPO法人クリエイト（クリエイト インターナショナル クリスチャン スクール）
全日制の小中高一貫校。少人数で個々の能力・個性に合わせた学習指導。心理カウンセリングも対応。聖書を中心とした教育。
AOiスクール（小田急のオルタナティブスクール）
小田急電鉄が運営する、不登校の児童生徒向けのオルタナティブスクール。「好き」をきっかけにしたコミュニケーションや学びを届ける。ライブセミナーコース／バーチャルキャンパスコース／善行コースがある。東京都フリースクール等利用者支援事業（助成金）の認定施設。運営は不登校の原体験をもつ社員が企画。
沖縄オルタナティブスクール らしく
気持ちをきくことから始まり、自己選択と自己決定を通じて、沖縄の自然環境を活かした学習を実践するオルタナティブスクール。
小さなイエナスクール＠浦安
イエナプラン教育の理念に基づき、異年齢の子どもたちが共に遊び、協働・共生する学びの場。読書・ボードゲーム、自然での活動や科学館訪問などを実施。
フリースクールおおあそ未来の杜 阿蘇校
不登校経験のある校長が元教え子・両親とともに2024年4月に開校。生徒と同じ目線で関わり、基礎学習支援と体験活動を提供。PCスキル・金銭教育・起業塾・対人スキル、トレッキング・登山・農業・ピザ作り・自動車整備・カフェ運営などの体験活動。職員は不登校経験者。通信制高校・子ども食堂「おおあそ未来食堂」併設。
NPO法人みんなの学び舎 るぴなす
不登校児童生徒の支援を目的とした施設。元教員による学習支援、自然環境を活かした体験活動、地域交流が主な活動。
