セイカ学園中等部 京都伏見校
安心して登校できる居場所を提供するフリースクール。連携高校（鹿島朝日・鹿島学園高校、精華学園高等学校）により高校卒業までの将来像が描ける。
NIJINアカデミー
日本初、公教育を持ち運び可能にしたオルタナティブスクール。自宅からのオンライン＋全国のリアルキャンパスのハイブリッド型で、少人数×異年齢クラス・自由進度学習を行う。
ふりーすくーる ぼうけん のがり山
自然いっぱいの冒険遊び場を中心としたデモクラティックスクール型フリースクール。子どもが興味から学ぶ環境を提供。「自分でやりたいことを見つける→調べる→考える→解決する」を実践。
SunSunルーム
「フリースクールもりさぽ」が2024年5月より「はるみさんの畑」の協力を得て「SunSunルーム」として再開。子どもだけでなく保護者も相談できる、保健室のような安心して相談できる場所を目指す。盛岡駅から送迎あり。
村上ohanaネット 不登校保護者交流会「ホッと一息交流会」
不登校や発達障害などの困難を抱える子どもを持つ保護者の交流会。毎月1回（村上地域）、2か月に1回（新潟市）開催。
学び舎あとらぼ（熊本サドベリースクール）
サドベリースクール方式のオルタナティブスクール／フリースクール。ミーティング（会議）で運営方針を決め、遊びを学びと捉え、自由参加型ワークショップや水曜の外出活動（そとらぼ・ここらぼ）を行う。2025年秋に新しいフリースクールへ生まれ変わり。運営者：山田朋和。
フリースペース みんなの居場所 ラピュタすずか（NPO法人しゃいん）
学校に行きづらい子どもや不登校の子どもが安心して過ごせる居場所。子どもの自立と社会への適応を支援し、学校と連携しながら援助する。保護者の情報交換・相談の場としても機能する。
ハレとケ
茨城県坂東市にある、地域の人が「食」を通してつながれるみんなの居場所。不登校生も対象。食体験イベント、畑仕事、居場所提供、子どもが作る食堂、おもちゃライブラリー、季節のてしごと等を実施。
第一学院中等部
ICTを活用した多様な学びの機会を提供する中等部。理解度に合わせた学習プログラム、オンラインやキャンパスでのコミュニケーション、AI搭載デジタル教材やプログラミング講座を提供する。
NOBITTO iSCHOOL
ICT・プログラミング教育を活用し、子どもの興味を未来につなげるフリースクール＆通信制高校サポート校。少人数制。