フリースクール育海（はぐくみ）
不登校やひきこもりなど学校生活で生きづらさを抱える子どもが、親元を離れて1年間の離島暮らしを体験する。島民と共に子どもたちを見守る環境が特徴。
学び舎あとらぼ（熊本サドベリースクール）
サドベリースクール方式のオルタナティブスクール／フリースクール。ミーティング（会議）で運営方針を決め、遊びを学びと捉え、自由参加型ワークショップや水曜の外出活動（そとらぼ・ここらぼ）を行う。2025年秋に新しいフリースクールへ生まれ変わり。運営者：山田朋和。
パーソナルスクール sunow（スノー）
温かい環境と適切な関わりで、エネルギーを蓄え力を発揮するチャンスの時間に変えるフリースクール。心理士による専門的サポート。
フリースクールほとり
「みんなの実家」が運営する活動の一つのフリースクール。
ハレとケ
茨城県坂東市にある、地域の人が「食」を通してつながれるみんなの居場所。不登校生も対象。食体験イベント、畑仕事、居場所提供、子どもが作る食堂、おもちゃライブラリー、季節のてしごと等を実施。
will be smile ～不登校から多様な学びを考える親の会＠大津
滋賀県大津市で活動する、学校に行かない子の保護者が集う交流サロン。親の会として活動しつつ居場所活動も展開。
フリースペース「たきざわスポラ」
特定非営利活動法人Future Seedsが運営。学校に通うことが難しい子どもに居場所を提供。自然・社会・科学・調理体験など実践的な学習に注力し、朝のミーティングと夕方の振り返りで活動を自由選択できる。ひとり親家庭など経済的困難を抱える子どもを優先的に受け入れ。
NPO法人てら（自立・復学支援）
不登校からの自立・復学支援を行うNPO法人。フリースクール、LINE相談（全国対応）、訪問支援、数学塾、高卒資格取得コース、キッズスクール、パソコン教室を運営。
不登校・中退専門塾「キズキ共育塾」
不登校・中退・通信制高校からの受験に対応する完全個別指導塾。14,000人以上の卒業生実績を持ち、小学生から社会人まで対象。心身の不調と学びの継続を並行してサポートする。
きみの森 〜平日お昼の子どもの居場所〜
平日昼間に不登校の子どもたちが過ごせる居場所。子どもも保護者も気兼ねなく過ごせる場を提供。