フリースクール育海（はぐくみ）
不登校やひきこもりなど学校生活で生きづらさを抱える子どもが、親元を離れて1年間の離島暮らしを体験する。島民と共に子どもたちを見守る環境が特徴。
アフタースクール桜
横浜市中区のフリースクール。不登校支援・学習支援・居場所づくりを提供。天気の良い日は外出イベントも実施。
おうちフリースクール でぃありす上尾
中学生を対象とした学習支援を行うおうちフリースクール(昼間の学習塾)。2025年4月より活動再開、現在は紹介の生徒のみ受け入れ。
NIJINアカデミー 熊本SALTO校
NIJINアカデミーの熊本SALTO校（熊本市）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
昼TRY部（NPO法人D.Live運営）
小学5年生から高校3年生が通うフリースクール。不登校や別室登校の子が週1回から利用でき、安心できる居場所を提供。
NIJINアカデミー 札幌大きなかぶ校
NIJINアカデミーの札幌大きなかぶ校（札幌市）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
フリースクール大田シューレ
不登校の小中高生が安心して学べるフリースクール。自由を大切にし、子どもたちで活動を創り、互いの違いを尊重する場所。学習や進路相談、オンライン対応、保護者同伴通室にも対応する。
特定非営利活動法人ターサ・エデュケーション フリースクールこらんだむ（前橋校）
不登校・ひきこもりの子どもたちが年齢や性別を超えて自然で温かい人間関係を築き、多様な体験活動を通じて自己肯定感を高める居場所。学習伴走プランも用意する。
クラーク国際中等部 姫路キャンパス
クラーク国際中等部の姫路キャンパス（姫路市）。在籍校に籍を置いたまま通える中等部で小6〜中3が対象。全日型・週2通学・月1〜2通学＋オンラインから選べ、全教員が学習心理支援カウンセラー資格を保持。入学金30,000円／月22,700円〜。
稲毛フリースクール S-Labo（IOO稲毛学習教室）
IOO稲毛学習教室が運営する少人数制・全日制フリースクール。プログラミング・マンガ/イラスト・理科実験・電子工作・造形工作・スポーツブレイントレーニング等の講座を開講。
