青少年自立援助センター
1977年設立のNPO。ひきこもり状態の子ども・若者とその家族を支援し、自立支援を中心に障害者福祉、生活困窮世帯の子どもや海外ルーツの子どもへの学習・生活支援を行う。
星槎川口 フリースクール・不登校相談室
学校法人国際学園 星槎国際高等学校が運営するフリースクール及びカウンセリングや心理検査を行う相談室。2026年4月に「星槎みらい学校」に名称変更予定。
一般社団法人鈴 フリースクール
学習障害や発達障害などで学習や人間関係づくりが困難で学校に行けなくなった子をサポートするスクール。不登校・ひきこもり・軽度の発達障害を抱える子を受け入れ学びの場を提供する。
NPO法人Rainbow room「レインボールーム」
「自分らしくていい」「自分のペースでいい」を大切に、心配や不安なく過ごせる居場所。保護者支援も実施。
AOiスクール（小田急のオルタナティブスクール）
小田急電鉄が運営する、不登校の児童生徒向けのオルタナティブスクール。「好き」をきっかけにしたコミュニケーションや学びを届ける。ライブセミナーコース／バーチャルキャンパスコース／善行コースがある。東京都フリースクール等利用者支援事業（助成金）の認定施設。運営は不登校の原体験をもつ社員が企画。
昼TRY部（NPO法人D.Live運営）
小学5年生から高校3年生が通うフリースクール。不登校や別室登校の子が週1回から利用でき、安心できる居場所を提供。
スクノマの会
不登校や登校渋りに不安を抱く児童・生徒と保護者を対象に学習支援・生活体験・相談活動を行う(新居浜市)。
YUME School 盛岡校
小・中・高校生対象のフリースクール。体験型学習を通じて社会で活きる力を養い、学び直し・個別学習、発達特性サポート、メンタルサポート、進路サポートを提供する。
フリースクール★これまな
東京都清瀬市の公園や公共施設、柳瀬川流域を拠点に活動するフリースクール。2024年3月に学校に合わない子を持つ保護者同士で立ち上げた団体。
小諸不登校・登校拒否・ひきこもりに学ぶ親の会「はじめのいっぽ」
登校拒否・不登校・ひきこもりなどの子どものいる親同士が月1回程度集まり、悩みや不安を互いに出し合い、聴き合い、学び合う会。