フリースクールリンカーン
不登校・行き渋り・発達特性のある子を対象とした少人数制フリースクール。その子のペースを大切にする居場所。
NPO法人 たんば子ども若者支援ネットワークえん
不登校・ひきこもり等の当事者や家族・支援者に向けて、子ども・若者の居場所活動、フリースクール活動の支援を行うNPO法人。
憩いスペース・なぎさ
不登校・不適応の子どものために設けたフリースクールコース。個別指導で理解できていない単元まで遡って学習支援を行う。
子どもが決める学校 Reducation（レジュケイション）
公立でも私立でもない新しいスタイルのオルタナティブスクール。決まったカリキュラムや時間割がなく、子どもと相談しながら活動を決める。
フリースクール リフレルーム（NPO法人）
学校に行くことに躊躇いを感じている、または不登校の中学生を対象としたフリースクール。自己肯定感やコミュニケーション力の向上、社会的自立を重点に、各自のペースで学習や興味ある活動に取り組める。
特定非営利活動法人 みんなの教室
「子どもたちの居場所をつくる」ことと「一人ひとりに寄り添い一緒に学び成長する」ことを理念に、自分の『好きなこと』『やりたいこと』を軸に活動にチャレンジする場所。
別府フリースクールうかりゆハウス
フリースクール（不登校児童対象）、個別学習塾（外国籍児童・学習困難児向け）、こども哲学対話の3つの軸で運営。2022年4月開設。
フリースクール ぴーす
誰もが安心できる場所（peace）、それぞれの個性（piece）を尊重する場所。代表は元当事者でフリースクール経験あり。
フリースクールおおあそ未来の杜 阿蘇校
不登校経験のある校長が元教え子・両親とともに2024年4月に開校。生徒と同じ目線で関わり、基礎学習支援と体験活動を提供。PCスキル・金銭教育・起業塾・対人スキル、トレッキング・登山・農業・ピザ作り・自動車整備・カフェ運営などの体験活動。職員は不登校経験者。通信制高校・子ども食堂「おおあそ未来食堂」併設。
居場所と学び舎 CLAST（クラスト）
「子どもが真ん中」の理念に基づき、主に不登校の子どもたちが利用する居場所。基礎学習と様々な体験を通じて自己理解を深め、心身ともに成長できる場を提供。学校と連携。通信制高校併設。