みんなの家「ふらっと」
「学校に行くのがツライ…」という小学生から高校生のための学びの場。メンタルヘルスケアから始め、継続的な通所を通じて復学を目指し、規則正しい生活・人間関係・自立心を育む。
いわて南ユースセンター キャリノバ
岩手県に住む10代の若者が将来について考えるきっかけを得られる場所。学校に行けなくなった子どもたちの居場所としてフリースクールを運営。
むこうフリースペース sugoshiba（すごしば）
中高生世代の「発達する権利」「休み・遊ぶ権利」を保障するフリースペース。Nintendo Switch、本・マンガ・アニメ、アナログゲーム、学習部屋、WiFi、隣接の公園などがあり、お菓子とジュースは無料。
フリースクールゆいパーク
学校に行かなくても学習が進められるようサポートするフリースクール。自宅でもフリースクールでも使える対話型デジタル教材「すらら」を利用。
学園てぃーだ
個別進度型学習を採用し、生徒が自分のペースで主体的に学べるオルタナティブフリースクール。安心の居場所も提供する。
フリースクール オハナ
不登校の小中学生向けフリースクール。『基本的に勉強は教えない』方針で、家族以外の人間関係構築と心の安定を重視。ハワイ語オハナ（家族）の名の通り、血縁に関わらず支え合える居場所を目指す。
たねび学園
名古屋市名東区一社にあるフリースクール。不登校の選択を前向きに捉え、専門家と連携して教育だけでなく生活やメンタル面のサポートも行う。
モルゲンシュテルン（風の谷）／国東教育共同体
国東市国東町下成仏699にあるシュタイナー教育を基盤としたフリースクール。ファームコミュニティー（共同体）としての学び、放課後等デイサービス・児童発達支援なども運営。
フリースクール青い空
フリースクール、不登校等の教育相談、森のがっこう（森のようちえん）、こども食堂「ハラクッチー」「地域ふれあい食堂」、地域交流活動「エール」などを実施。「ゆっくり休んでやりたいことをやる」自立支援。
工芸技能学院（小中フリースクール）
日野市のフリースクール。発達障害・不登校の子を対象とし、在籍校の出席扱いとなる小中フリースクール。工芸技能を通じた教育活動を展開する。