NPO法人 湘南国際サポートセンター
不登校や学習面に不安のある中学生向けのフリースクール。超少人数制でマンツーマン対応し、子どもに寄り添った支援を実施。高校進学に向けた進路相談も提供する。
ちば夜間中学をつくる会
公立夜間中学の設置を目指す活動と、自主夜間中学の運営を実施。本人の話を聞き必要なことが学べるよう対応し、市民ボランティアで運営している。
わく星学校
1990年開校のフリースクール。決まったカリキュラムに縛られず、自分たちの学びを自分たちで計画・実行して主体性と自立を育む。岩倉の自然の中で四季の暮らしを体験的に学ぶ。
星槎フリースクール富山
学校に足が向きづらい子どもたちの学び舎。在籍校に籍を置いたまま登校し報告書提出で出席日数として認定されるケースが多数。体験を通じ自己肯定感を高める第3の居場所。
特定非営利活動法人ターサ・エデュケーション フリースクールこらんだむ（前橋校）
不登校・ひきこもりの子どもたちが年齢や性別を超えて自然で温かい人間関係を築き、多様な体験活動を通じて自己肯定感を高める居場所。学習伴走プランも用意する。
フリースクール みらいの学び
学校に通っていないが勉強したい子のための京都・向日市のフリースクール。将来の可能性を失わないことを目指す。2023年4月開校。
D.School フリースクールコース
一人ひとりの気持ちや学び方に寄り添い、自分のペースで学びや体験に取り組める場所。安心できる環境の中でその子らしさと次の一歩を育む。
フリースクールたんぽぽ（NPO法人ハッピーラボ／港区にも拠点）
NPO法人ハッピーラボ運営。時間割や登下校時間がなく個々のペースで学習。在籍校の出席扱い認定を受けており通学定期にも対応。教員免許保有スタッフ配置、クラス分けなしの子ども主体運営。
中津川市民立小中一貫校 花咲学園
教育機会確保法に基づくフルタイムのフリースクール。2022年7月にプレ開校し週1回から開始、2023年4月に週4日で本格開校。定員20名程度。
フリースクール むーぶ おん
学習塾「一（はじめ）塾」を母体とし、不登校の児童・生徒に居場所を提供。自主性を尊重しながら興味や可能性を伸ばし、自分らしい姿で社会活動に参加できる個人へと成長を支援する。