みんなの居場所あめつち
岐阜県各務原市のオルタナティブスクール（フリースクール）／自然保育園。學び舎いっぷう（6〜15歳）、自然保育やまびこ（満3〜6歳）、親子組まめっこ（0〜6歳）を運営。
フリースクール こころテラス☆free
「子どもも大人も輝く社会づくりへの貢献」を経営理念に、誰も孤立させない・誰もが個立できる社会のためのつながりを栃木市で創ることを目指す施設。
湘南国際アカデミー フリースクール
藤沢市のフリースクール。不登校・いじめ・学習支援が必要な生徒・若者向けにカウンセリングと学習支援を中心に提供。教室でなくサロンのような明るい場で、学び直しや高校受験対策に対応。
AOiスクール（小田急のオルタナティブスクール）
小田急電鉄が運営する、不登校の児童生徒向けのオルタナティブスクール。「好き」をきっかけにしたコミュニケーションや学びを届ける。ライブセミナーコース／バーチャルキャンパスコース／善行コースがある。東京都フリースクール等利用者支援事業（助成金）の認定施設。運営は不登校の原体験をもつ社員が企画。
YUME School 盛岡校
小・中・高校生対象のフリースクール。体験型学習を通じて社会で活きる力を養い、学び直し・個別学習、発達特性サポート、メンタルサポート、進路サポートを提供する。
ハーモニィカレッジ牧場まなび～馬
牧場フリースクール「まなび～馬」。生き辛さを感じている子どもたちの居場所・学び・体験の場で、学校の出席扱い認可を目指している。
ソーシャルスクール つなぐ（志摩教室）
「学力・コミュニケーション力・生活力」を育む総合学習機関。発達障害・メンタル不調・不登校・ひきこもり・ニート等（グレーゾーン含む）に個別支援コースを提供。
福岡不登校・ひきこもり支援研究会ポルタ
不登校・ひきこもりの本人と家族が抱える生きづらさに寄り添い、自分らしく豊かな人生の歩みをサポートする支援団体。臨床心理学の専門性を活かしたカウンセリングや親の会などの支援を提供している。
かさねテ 親子でかがやく不登校カフェ INふくやま
不登校で悩む当事者親子で参加できるカフェ。月1回の茶話会は時間内なら出入り自由。目指すのは再登校ではなく将来的な子どもの自立。
フリースクールたかきじゅく
生徒の多様性を尊重し、ひとりひとりにあわせて個別に対応し、誰もに開かれた「学びの場」を提供。長年の塾運営ノウハウを活用。