はなえみ学舎
児童発達支援・放課後等デイサービスを提供する施設。脳科学に基づく療育、専門職による支援、自然体験や地域交流を行う。
フリースクール ふらっと（NPO法人ただいま）
学校に行かない選択をした子どもたちが安心して心を休ませ、自分らしい自分を発見し、ひとりひとりに合った社会的自立の方法を見つける居場所。
船橋フリースクール ハロー！ステーション
新船橋駅徒歩2分のイオンタウン2階にあるフリースクール。プログラミングや3Dプリンター、ボードゲームなど多様な学びを用意し、不登校の子や既存の枠にとらわれず学びたい子の自主性と個性を尊重して安心して過ごせる場を提供する。
自在能力開発研究所 スプラウツ（発達障がい児・不登校生フリースクール）
2000年創設。ダウン症児への学習支援から始まり、脳科学とAIを活用した発達障がい児・不登校生向けの長期一貫支援を提供。個別最適な学習環境と心のケアを重視する。
フリースクール「たんぽぽの風」
愛知県春日井市玉野町を拠点とするNPO法人が運営するフリースクール。学校へ行かない子どもの居場所として、地域の支援者や保護者と共に多様性を認め合える街づくりを目指している。
ボドゲステーション（フリースクール）
プログラミングやボードゲーム、3Dプリンターなどを活用した学習環境を提供するフリースクール。強制せず子どもの興味や個性を大切にし、自分のペースで安心して学べる教育方針を特徴とする。習志野駅前に立地。
フリースクール アサンテ
教科学習、イベントの企画・実行、自主学習、運動などを行うフリースクール。親の会（月1回）、カウンセリングを実施し、NPO全国ネットワークに加盟。
逗子・葉山サドベリースクール umi
逗子市のフリースクール。STEAM教育とサドベリー教育を融合し、子どもの自主性を尊重して自ら学ぶ喜びを育む。時間割やカリキュラムを固定せず、学びの時間や場所を自由に選べる。
学校法人どんぐり向方学園
長野県最南端の天龍村にある全寮制の小中学校（ボーディングスクール）。不登校や発達障がいに悩む子ども、山村での生活を望む子どもを積極的に受け入れている。
フリースクールBISA
「考える力」と「生きる力」を大切にし、一人ひとりに寄り添った学びを提供。保護者サポートあり。