心の居場所 toiro～といろ～
不登校（行きしぶり）の子どもとその親を対象とした居場所。学校復帰を目的とせず、心の回復を優先する。2023年1月開設。
オンラインフリースクール（在宅学習支援）／クラスジャパンプロジェクト
2018年開校の日本初のオンラインフリースクール（クラスジャパン小中学園）。自宅学習の出席扱い制度に対応し、生徒一人ひとりに担任が伴走。
フリースクールAce
愛媛県新居浜市のフリースクール(株式会社fam運営)。学習と体験活動(調理・工作・外遊び・社会体験など)を行う。
認定NPO法人よみたん自然学校 フリースクール小学部
豊かな自然環境で子どもが「自然・人・自分」と向き合いながら成長するフリースクール小学部。「やりたい！」の実現を通じて感性と主体性を育む。校舎は沖縄伝統の赤瓦建物（土間・かまど・石窯完備、庭にガジュマルの大木）。
NPO法人子ども地域ネットワーク所沢（所沢SecretBase）
NPO法人子ども地域ネットワーク所沢が運営（所沢SecretBase）。「ただの居場所でも、ただの塾でもない」を方針に、地域のリビング（多世代交流の第3の居場所）、FYLコース（日常＋少人数学習）、DYLコース（進路決定に向けた本格学習支援）を提供。学習支援塾DEKObokoと連携し2026年5月より新体制。
むこうフリースペース sugoshiba（すごしば）
中高生世代の「発達する権利」「休み・遊ぶ権利」を保障するフリースペース。Nintendo Switch、本・マンガ・アニメ、アナログゲーム、学習部屋、WiFi、隣接の公園などがあり、お菓子とジュースは無料。
太田フリースクールあおば
学校に行きにくいと感じている子どもたちの居場所。子どものペースに合わせた自由で安心できる学習環境を提供する。
小諸不登校・登校拒否・ひきこもりに学ぶ親の会「はじめのいっぽ」
登校拒否・不登校・ひきこもりなどの子どものいる親同士が月1回程度集まり、悩みや不安を互いに出し合い、聴き合い、学び合う会。
特定非営利活動法人 越谷らるご（フリースクール りんごの木／不登校・ひきこもり 親の会）
NPO法人越谷らるごが運営。フリースクール りんごの木（子どもの思いを大切にし自主的に決める）、埼玉県ひきこもり相談サポートセンター、親の会（月1回程度）、ほっとりんご（20歳以上の居場所）。自立援助ホーム「ゆらい」（15～20歳）も併設。
フリースクールひかりサポート能登川校
小中学生の不登校支援を行う教育機関。「居場所」「学びの場」「カルチャースクール」「課外活動」を統合したフリースクール。
