オルタナティブスクールCHITTA
不登校など学校に行かない選択をした子どもと保護者を支援するオルタナティブスクール。午前は5教科、午後はヨガ・ダンス・プログラミング等の習い事を選択。有機食材の給食（子どもが調理）、公教育との連携。
広島の全寮制フリースクール スイス村
ゲーム・スマホ依存症になりたくないと願う青少年のための全寮制フリースクール。
みんなの居場所「にじ」（NPO法人置賜ひまわり会）
ふれあいを通して生きがいや仲間つくりの輪を広げることを目的とした施設。児童預かり、子ども食堂、異世代交流などの活動を行う。
フリースクール和草（にこぐさ）
子どもの「自ら育つ力」を信じ、判断せずに個別に寄り添う支援を行う。完全オーダーメイドカリキュラムを提供。
学び舎ヒノワ（陽の環）
宮崎県延岡市北浦町の自然環境で生き方・暮らし方を学ぶ場。漁業・畜産・農業など生産者との交流機会がある。
むすびつくば
不登校などの状態にある子どもが安心して過ごせるオルタナティブ・スペース。一人ひとりの育ちを尊重し、学び方の違いに寄り添う。
Cognosco世田谷
世田谷区のフリースクール。不登校の子どもを対象に学習と生活の両面から成長を支援。小規模だからこそ一人ひとりに寄り添った個別対応を実現する学びの場。
フリースクール流山（NPO法人）
6歳からのフリースクール。安心して過ごす中からやりたいことが生まれ、自己肯定感につながる環境を提供する。不登校を経験したスタッフが探究型学習をサポートし、通信制高校と提携して高卒資格の取得も可能。
NPO法人子ども地域ネットワーク所沢（所沢SecretBase）
NPO法人子ども地域ネットワーク所沢が運営（所沢SecretBase）。「ただの居場所でも、ただの塾でもない」を方針に、地域のリビング（多世代交流の第3の居場所）、FYLコース（日常＋少人数学習）、DYLコース（進路決定に向けた本格学習支援）を提供。学習支援塾DEKObokoと連携し2026年5月より新体制。
TSUKUBA 学びの杜学園
いじめ・不登校・ひきこもり・障がい等で学校に行けなくなった子供たちが、生きる力をゆっくりと身につけることをめざすフリースクール。