みらいゲート秋葉原
学研グループが運営する小学生専門のフリースクール。不登校の子どもに安心できる居場所と個別最適な学習サポートを提供する。復学率約60%、スタッフの信頼度100%を掲げる。秋葉原・神田エリアに立地。
個別指導・フリースクール NOBILBA（ノビルバ）
教職29年の塾長による完全個別指導。小学生の学習前後のお預かり（のびサポ）、フリースクール（のびスク）、中学生の定期テスト対策、通信制高校生の学習伴走コース。
フリースクールはまゆう
2018年3月開校。不登校・発達障がい・いじめ等で学校に行けない子が否定されずに過ごせる居場所づくりと学習支援を行う。
フリースクール むーぶ おん
学習塾「一（はじめ）塾」を母体とし、不登校の児童・生徒に居場所を提供。自主性を尊重しながら興味や可能性を伸ばし、自分らしい姿で社会活動に参加できる個人へと成長を支援する。
クラーク国際中等部 川崎キャンパス
クラーク国際中等部の川崎キャンパス（川崎市）。在籍校に籍を置いたまま通える中等部で小6〜中3が対象。全日型・週2通学・月1〜2通学＋オンラインから選べ、全教員が学習心理支援カウンセラー資格を保持。入学金30,000円／月22,700円〜。
クラーク国際中等部 福岡キャンパス
クラーク国際中等部の福岡キャンパス（福岡市中央区）。在籍校に籍を置いたまま通える中等部で小6〜中3が対象。全日型・週2通学・月1〜2通学＋オンラインから選べ、全教員が学習心理支援カウンセラー資格を保持。入学金30,000円／月22,700円〜。
NIJINアカデミー 名古屋中村校
NIJINアカデミーの名古屋中村校（名古屋市中村区）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
NIJINアカデミー栃木下野校
アートセラピー「臨床美術」をベースにした「アートワーク」を中心とし、リアル通学とメタバースを組み合わせたハイブリッド型小中高一貫校。少人数8～10人制。
モルゲンシュテルン（風の谷）／国東教育共同体
国東市国東町下成仏699にあるシュタイナー教育を基盤としたフリースクール。ファームコミュニティー（共同体）としての学び、放課後等デイサービス・児童発達支援なども運営。
ドーナツプレイス和（なごみ）
豊中市で不登校やひきこもりの子の自立を支援するフリースクール。決まった時間割やカリキュラムがなく、来てから「今日は何をしたい？」を一緒に考え、一人ひとりが自分のペースで過ごせる。
