まなびスペースCOCOCARA
NPO法人COCO.NETが運営する小学1年生～高校生対象のフリースクール(まなびスペースCOCOCARA)。義務教育段階の不登校の子どもの学びと育ちの場として運営し、ウエルビーイング教育を実践する。令和8年度千葉市の不登校児童生徒学習支援・フリースクール連携事業の委託団体。
クラーク国際中等部 岐阜キャンパス
クラーク国際中等部の岐阜キャンパス（岐阜市）。在籍校に籍を置いたまま通える中等部で小6〜中3が対象。全日型・週2通学・月1〜2通学＋オンラインから選べ、全教員が学習心理支援カウンセラー資格を保持。入学金30,000円／月22,700円〜。
NIJINアカデミー 江東大島校
NIJINアカデミーの江東大島校（江東区）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
クラスジャパン小中学園
小・中学校の不登校生徒を対象としたオンラインフリースクール。担任がチャットで日常的にサポートし、自分のペースで学習できる。フリースクールでの活動が在籍校の出席扱いになる。
NIJINアカデミー秋田にかほ校
週1日は畑のある教室、週4日はメタバース校舎で学ぶハイブリッド形式のフリースクール。在籍900名超、出席認定希望者の9割以上が認められている。
NIJINアカデミー千葉佐倉校
公教育を持ち運び可能にしたオンラインフリースクール。900名超が在籍し、多様な発達特性を持つ子どもが自分らしく過ごせる場を提供。
NIJINアカデミー 茨城下妻校
NIJINアカデミーの茨城下妻校（下妻市）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
フリースクール Doors（ドアーズ）
恵庭市恵み野の不登校児童向けフリースクール。
オンラインフリースクール（在宅学習支援）／クラスジャパンプロジェクト
2018年開校の日本初のオンラインフリースクール（クラスジャパン小中学園）。自宅学習の出席扱い制度に対応し、生徒一人ひとりに担任が伴走。
フリースクール YUME School 藤沢湘南台校
卓球台や電子ドラム、ギター等を備え、午前は学習・午後は体験活動とメリハリのある時間割を実施。基礎の学び直し、発達特性への対応、メンタル・進路サポートを行う。
