サドベリースクール アルママ
不登校や五月雨登校、浮きこぼれなど学校が合わない子どもたちを支援する少人数制フリースクール。子どもが本来もつ生きる力を信頼し、話し合いにより子どもたち自身で学校運営を行う。
NIJINアカデミー 横浜泉校（オンライン）
公教育を持ち運び可能にしたオンラインフリースクール。900名超が在籍し、多様な発達特性を持つ子どもが自分らしく過ごせる場を提供。
フリースクールゆいパーク
学校に行かなくても学習が進められるようサポートするフリースクール。自宅でもフリースクールでも使える対話型デジタル教材「すらら」を利用。
クラスジャパン小中学園
小・中学校の不登校生徒を対象としたオンラインフリースクール。担任がチャットで日常的にサポートし、自分のペースで学習できる。フリースクールでの活動が在籍校の出席扱いになる。
さくら国際高等学校 中学生フリースクール
フォスターアカデミーが運営する、さくら国際高等学校の学習センターに集う生徒と交流しながら学べる学び舎（中学生フリースクール／通信制高校を併設案内）。仲間との学習を通じて多様な価値観を知り、主体性とコミュニケーション能力を養う。
NIJINアカデミー栃木矢板校
メタバース校舎でのオンライン授業とリアル教室での自由進度学習・対話・地域体験活動を組み合わせた学び。子どもが主体となって学ぶ居場所。
みらいゲート秋葉原
学研グループが運営する小学生専門のフリースクール。不登校の子どもに安心できる居場所と個別最適な学習サポートを提供する。復学率約60%、スタッフの信頼度100%を掲げる。秋葉原・神田エリアに立地。
ABC Japan
外国人が日本での仕事や生活の問題を解決し、日本人と外国人をつなぐことを目的とした非営利団体。子ども向けに「ABCフリースクール」を運営（小中高受験対策）。
フリースクール Noa廿日市
オンラインや自習スペースでの登校・学習により在籍中学校の出席扱いを目指す。各通信制高校との連携により進路検討をサポート。
NPO法人 フリースクール・オンリーワン
不登校や行き渋りの児童生徒、他校在籍の高校生、高卒後の就職不安者も利用可。発達特性やメンタル状況に応じたサポート体制あり。併設の通信制高校で高卒資格取得も可能。