ゼロスクール菊池分校（NPO法人くまもとゼロスクール）
スタッフそれぞれの能力を活かした授業を実施。校舎周辺にはブルーベリー畑や柚子畑など自然が広がる環境で、7～15才の幅広い年齢層が通学する。
NIJINアカデミー熊本八代校
「まちにとびだす教室」。八代の歴史・文化・産業と連携した学びを、メタバース校舎とリアル教室のハイブリッドで提供する。
学び舎あとらぼ（熊本サドベリースクール）
サドベリースクール方式のオルタナティブスクール／フリースクール。ミーティング（会議）で運営方針を決め、遊びを学びと捉え、自由参加型ワークショップや水曜の外出活動（そとらぼ・ここらぼ）を行う。2025年秋に新しいフリースクールへ生まれ変わり。運営者：山田朋和。
NIJINアカデミー 熊本SALTO校
NIJINアカデミーの熊本SALTO校（熊本市）。オンライン（メタバース）とリアル教室を組み合わせた小中高一貫のオルタナティブスクール。少人数で自分のペースで学べ、在籍校での出席扱い実績あり。発達特性への配慮も。
熊本個別指導教室 フリースクールコース 熊本校
学校に行けない子どもたちの居場所。学校復帰を基本姿勢とし、学習塾の母体を活かした学習支援・進学支援を行う。
オルタナティブスクールCHITTA
不登校など学校に行かない選択をした子どもと保護者を支援するオルタナティブスクール。午前は5教科、午後はヨガ・ダンス・プログラミング等の習い事を選択。有機食材の給食（子どもが調理）、公教育との連携。
熊本YMCA 不登校児童・生徒支援プログラム「ぷらっとほーむ」
不登校の子どもに安心できる居場所を提供し、自己肯定感と自己効力感を育む支援プログラム。
フリースクールおおあそ未来の杜 阿蘇校
不登校経験のある校長が元教え子・両親とともに2024年4月に開校。生徒と同じ目線で関わり、基礎学習支援と体験活動を提供。PCスキル・金銭教育・起業塾・対人スキル、トレッキング・登山・農業・ピザ作り・自動車整備・カフェ運営などの体験活動。職員は不登校経験者。通信制高校・子ども食堂「おおあそ未来食堂」併設。
フリースクール夢学舎（一般社団法人熊本夢学舎）
様々な事情で学校に通学できない子どもたちのためのフリースクール。通信制高校サテライト校、自習教室、放課後プログラム、親子の広場などを提供。
このいろスクール
「今の自分で大丈夫」と子どもがありのまま安心して過ごせる居場所。授業料フリー・やることは自由なフリースクール。『子ども中心の教育』『遊学一致』『輝く大人との出会い』を教育方針とする。
